云南闭壳龟自然数量极稀少，仅知有保存于大英博物馆及上海自然博物馆共6号全模标本。1906年依据云南闭壳龟6号标本发表新种后，1946年在昆明西山又报道1号。截至2007年，再未见任何标本报道，被称为“野外灭绝”种。据报道中国国内仅有1-3只标本，保存在有关科研机构。不过，另有报道称，2004年5月发现一只生活的雌性云南闭壳龟，2005年6月云南省吴徽先生又发现一只生活的雄性云南闭壳龟。据此推断，云南闭壳龟虽然处于濒危灭绝状态，但野外应该尚留有极少数量。

在2009年，云南科考时发现了三雌一雄成体，之后在人工养殖下繁育了下一代。由于数量极为稀少，1996年的《中国物种红色名录》评估等级中将其评定为功能性灭绝。 在2000年前后，国际上宣布该物种为灭绝物种。